O CLAF obtém recursos financeiros das seguintes fontes:
i) Quotas pagas anualmente pelos países membros.
ii) Contribuição do CNPq, através do Protocolo de Intenção CNPq-CLAF, equivalente a 10 bolsas de Doutorado e bolsas de Pós-Doutorado por ano, para estudantes latino-americanos que queiram estudar no Brasil.
iii) Contribuição do MCT para gastos de infra-estrutura e funcionamento da sede, incluindo salários do pessoal administrativo.
iv) A partir de 1997, mediante acordo ICTP-CLAF, o ICTP destina fundos para atividades de apoio a países de menor desenvolvimento em Física na América Latina. Em 2003 a colaboração do ICTP agregou fundos anuais para doutorados cooperativos entre instituições latino-americanas.
v) Desde 2009, mediante acordo ICyTDF-CLAF, o Instituto de Ciencia y Tecnología del Distrito Federal do México (ICyTDF) destina fundos para bolsas de estudos de Mestrado, Doutorado, Doutorado Cooperativo, Pós-doutorado e Projetos de Colaboração Científica, com o objetivo de promover o intercâmbio de conhecimento entre estudantes e pesquisadores do México e outros países da América Latina.
vi) Doações de instituições e pessoas.