El CLAF obtiene recursos financieros de las siguientes fuentes:
i) Cuotas aportadas anualmente por los países miembros;
ii) Contribución del CNPq de Brasil, a través del Protocolo de Intención CNPq-CLAF, equivalente a 10 becas de Doctorado y 15 becas de Posdoctorado por año, para estudiantes latinoamericanos que quieran estudiar en Brasil;
iii) Contribución del MCT de Brasil para gastos de infraestructura y funcionamiento de la sede incluyendo salarios del personal administrativo;
iv) A partir de 1997, mediante el acuerdo ICTP-CLAF, el ICTP destina fondos para actividades de apoyo a países menos desarrollados en Física en América Latina. En 2003 la colaboración del ICTP agregó fondos anuales para doctorados cooperativos entre instituciones latinoamericanas;
v) A partir de 2009, mediante el acuerdo ICyTDF-CLAF, el Instituto de Ciencia y Tecnología del Distrito Federal de México (ICyTDF) destina fondos para becas de maestría, doctorado, doctorado cooperativo, posdoctorado y proyectos de colaboración científica, con el objetivo de promover el intercambio de conocimientos entre estudiantes e investigadores de México y otros países de América Latina;
vi) Donaciones de instituciones y personas.